Las actividades de la Secretaría Administrativa tienen como objetivo la administración de los recursos financieros, materiales y humanos para el cumplimiento oportuno de las metas y objetivos del Instituto de Ciencias Nucleares, conforme a la normatividad vigente aplicable a los Procesos Administrativos, al Sistema de Gestión de la Calidad y demás normas aplicables de manera particular a Proyectos Externos, a través de la planificación, organización, dirección, control y supervisión de los recursos y servicios que proporciona la Secretaría Administrativa.
La Secretaría Administrativa está integrada por los Departamentos de Presupuesto y Contabilidad, Personal y Servicios Generales, y de Bienes y Suministros; además cuenta con una Jefatura de Área de Proyectos CONACyT y Área de Proyectos PAPIIT.