Aunque Antígona nació en Tuxtla Gutiérrez, Chiapas, la registraron como si hubiera nacido en la Ciudad de México. Pasó sus primeros años rodeada de libros y cuando era niña quería estudiar muchas cosas: biología, arqueología y egiptología. Esta última área le gustaba tanto que aprendió a escribir jeroglíficos.

Su madre fue una influencia importante en su infancia, pues le compraba libros de ciencia para niños, que en esa época eran difíciles de conseguir además de caros. También la llevaba a museos, pues sabía que su hija disfrutaba la ciencia. En los años ochenta solamente había dos museos de ciencia en la Ciudad de México: el Museo de Historia Natural y el Museo Tecnológico de la CFE. La visita a estos espacios fomentó el gusto de Antígona por la ciencia.

En la adolescencia Antígona admiraba a Sor Juana Inés de la Cruz, quien le parecía un personaje muy interesante, y le encantaba leer sus poemas. Casualmente, el lugar donde cursó la secundaria llevaba el nombre de la poetisa, por lo que las maestras frecuentemente hablaban de su vida y obra.

Posteriormente, continuó con el doctorado dentro del Posgrado en Ciencias de la Tierra en la UNAM. Su trabajo estuvo centrado en la posibilidad de que se formaran moléculas orgánicas, importantes para la vida, en los volcanes de Marte. Realizar dicho grado fue complicado por varias razones. La primera fue que a Antígona le tocó la huelga de la UNAM, lo que dificultó sus estudios. La segunda fue que cuando inició el doctorado ya estaba casada, entonces, a pesar de que tenía un discurso muy independiente, ella estaba a cargo de muchas cosas en su casa, además de estudiar. Esto hacía que sus días fueran muy pesados.

El paso de la maestría al doctorado fue difícil porque en el Instituto de Astronomía le dijeron que su área de especialización no pertenecía a la astronomía, y por lo tanto no podía hacer el doctorado ahí. Por ello, se cambió al Doctorado en Ciencias de la Tierra y realizó su investigación en el Instituto de Ciencias Nucleares de la UNAM. El ambiente del nuevo instituto le pareció hostil, comparado con el del Instituto de Astronomía, porque había muy pocas mujeres, pocos espacios para estudiantes, e incluso había menos baños para mujeres que baños para hombres.

Finalmente logró concluir el doctorado exitosamente y titularse con mención honorífica el 30 de noviembre de 2001 con la tesis titulada Fijación de Nitrógeno por Relámpagos Volcánicos en el Marte Primitivo, asesorada por el Dr. Rafael Navarro González.

Al finalizar el doctorado realizó dos estancias posdoctorales. La primera fue en la Universidad Estatal de Pensilvania, de octubre de 2002, a mayo de 2005. La segunda fue en el California Institute of Technology (Caltech), para hacer un proyecto del Jet Propulsion Laboratory de la NASA, de julio de 2005 a noviembre de 2006. Al final de su estancia en Pensilvania se embarazó y tuvo a su hijo en California. Fue una de las etapas más difíciles de su vida, y no disfrutó la maternidad, pues tenía que cumplir con su trabajo posdoctoral y también con el cuidado de su hijo. Aunque el papá se quedó a cuidar al bebé en la casa, ella tenía que atenderlo durante toda la tarde y noche. Para ella fue muy complicado continuar con su trabajo teniendo un hijo.